单细胞RNA扩增试剂盒说明书

发布时间:2017/5/10 10:10:00

产品特点:

一个哺乳动物单细胞一般只有约10pg 的总RNA,其中的mRNA 只有1-5%(约10E5-10E6 个分子),因此直接用单细胞进行mRNA 扩增具有极大的技术难度。本公司进过精心研究,整合技术,开发出了可以直接用单

个细胞进行mRNA 扩增的试剂盒本产品具有下列特点:

1. 双向,既可用于制备正义的mRNA,也可用于制备反义的aRNA(antisense RNA)或cRNA(complimenary RNA)。

2. 直接用单细胞裂解液进行反应,免RNA 提取,整个过程只需要半天。

3. 适用于多种单细胞,包括卵细胞、干细胞、FACS 分离细胞等单细胞,还可用于培养细胞和胚胎等实体租组织(需要单细胞化),也可以使用10pg-10ng 纯化的总RNA 作为模板。

4. 假阴性和假阳性率均小于6%,RNA 扩增成功率为90%。

5. 所得mRNA 或aRNA(cRNA)可以直接用于后续的RT-PCR、芯片杂交、表达谱分析等实验。

6. 本试剂盒足够对80 个单细胞进行单细胞RNA 扩增。

低温运输,-20℃保存,有效期一年。

使用方法:

强烈建议首次使用本产品前,先预实验,用纯化好的任何总RNA 10 倍系列稀释,直到浓度为25pg/uL,然后用0.4 uL(即10pg RNA,相当于单个细胞的总RNA 量)按本操作手册进行扩增,需平行做4-10 个重复。

下列步骤仅用于制备mRNA,如果需要制备aRNA(cRNA),则需要把P1 和P2 引物对换,其他成分不需要做任何改动。

一:新鲜准备工作液

见手册左侧各表,据此配制的的各工作液足够扩增10 个单细胞用。如果实验没有10 个细胞,工作液的量仍需按10 个细胞的用量新鲜配制,冰上放置时间不能超过1 小时。

二:准备单细胞悬液

如何制备单个细胞取决于实验样品和所能使用的仪器设备,此处所列步骤仅供作为分离单个培养细胞的参考,本试剂盒不提供相关试剂。对其他材料(如干细胞克隆、2-8 细胞胚胎、胚囊、胚胎组织等)用户需自行选用合适的制备单细胞的方法。对已经处于单细胞悬浮状态的细胞(如FACS 分离细胞、卵细胞等),则可以跳过此步直接进入第下步操作):

1. 按常规胰酶方法处理培养细胞或组织,将细胞重悬于培养基中并计数。

2. 转移100-4000 个细胞到离心管中,400g 离心4 分钟,弃上清。

3. 将细胞沉淀重悬于50uL 自备PBS 中,使其终浓度为2-80 个细胞/uL,所得细胞悬液可直接用于下面的反应。本方法一个管中可以处理1-40 个细胞,但这些细胞必须是先分离成独立细胞的,不能是未分离的细胞团。

三:cDNA 合成和PCR 扩增

4. 标记10 个0.5 mL PCR 管(10 号设为阴性对照)

5. 将模板来于一个样的2 管PCR 产物汇集,20 管汇集后将得10 管(对应于10 个样),每管30uL。只有循环数在24 次以上时电泳才能检测到PCR 产物,故此步不需要电泳检测。

6. 用自备的PCR 产物纯化回收试剂盒回收PCR 产物,去除残留的引物,50 uL 洗脱DNA,产物放-80C 长期保存。

7. 10 个样和其对应的未PCR 对照(共20 个样)各取0.5uL 为模板进行PCR 或定量PCR 分析,判断靶基因在哪个样品中得到了扩增和扩增效率如何。没有靶基因的可以选择看家基因。客户需自备相关引物和试剂。

四:制备含T7 启动子的模板(下列操作只针对10 个样品中的一个)

8. 选一个靶基因得到扩增的DNA 样品(第6 步回收所得),各取1 uL 加到10 个PCR 管中,各加29 uL 新鲜配制的PCR Mix(按左表5 配),混匀后按以下参数扩增1 次(95℃ 5m30s,64℃ 1m,72℃ 5m18s),

再按以下参数扩增8 次(95℃ 30 秒,67℃ 1m,72℃ 5m18s,每次循环后将72℃延伸时间增加6 秒),PCR 结束后在72℃保温10m。

9. 汇集10 管PCR 反应液(共300 uL),用自备的PCR 产物纯化回收试剂盒回收PCR 产物,30 uL 洗脱。

10. 将30 uL 洗脱的DNA 全部上样到琼脂糖胶上进行电泳(只需要电泳10分钟即可,否则胶体积太大,回收效率低),360nm 紫外灯下切胶(250bp以上区域),用30-50uL 洗脱。此步所得PCR 片段无250bp 以下的非特异扩增产物,可以直接用于后续的体外转录。

五:T7 体外转录:请按该试剂盒的使用手册操作(本产品含体外转录试剂)。