“HiSeq 测序系统既有Illumina和Solexa在边合成边测序上的优势，又融合了新的光学和系统设计。这些创新重新定义了测序的轨迹，将人类基因组的测序费用降至1万美元以下。”

HiSeq1000与Hiseq2000测序系统的相同之处在于两者都采用相同的仪器外观、工作原理、操作流程及数据处理系统；不同之处在于HiSeq1000配有1张flowcell，单次运行能产生300G的数据量，HiSeq2000配有2张flowcell，单次运行能产生600G的数据量。

Hiseq2000 新一代高通量测序系统特点

1、前所未有的产量——HiSeq 2000能够在单次运行中产生600 Gb的数据，每天产生55 Gb。该系统使用两个流动槽和一种新颖的双表面成像方法，能够使测序通量及实验灵活性提升到新的水平。

2、突破性的用户体验——HiSeq 2000具有简化和直观的单个操作员流程，启动运行仅需10分钟的手工操作时间。即插即用试剂，触摸屏界面，以及实时的运程运行监控，让仪器操作更简单。文库制备时96个样品的平行处理显著降低了手工操作时间和整体的费用。

3、无可比拟的经济操作——研究人员以30倍的覆盖度对两个人类基因组进行测序，每个基因组的费用不到1万美元。HiSeq 2000能以单个或两个流动槽的模式运行，并同时运行需要不同读长的应用。

应用

 HiSeq2000强大的功能和超低的试剂成本可带领研究人员达到任何测序目标。包括

  1、De Novo重头测序

  2、DNA重测序

  3、RNA测序：表达谱、转录组测序等

  4、MicroRNA发现及分析

  5、甲基化测序

  6、DNA-蛋白互作研究：ChIP-Seq

  7、目的区域捕获

  8、外显子测序