高压灭菌器通过产生高温高压的蒸汽来杀灭细菌、病毒和其他微生物。这种蒸汽可以渗透到物品的每一个角落，确保消毒。
　　高压灭菌器与高压锅的不同之处在于灭菌器的动作更为严峻。待消毒的器械存放在灭菌器腹部的室内。灭菌器一打开，就将浓密的蒸汽云送入腔室。此时，压力和温度开始升高。通常，大多数高压灭菌器都希望维持约120℃(约250°F)的温度。
　　该设备包括多个阀和管道，以允许蒸汽进入腔室并将污染的空气引向出口。而且不是必须施加120℃和15分钟的特定组合，可根据内部材料使用不同的组合。当压力增加时则沸点升高；压力减小则沸点降低。
　　高压灭菌器在发生故障后的正确处理应对思路如下：
　　1、由专人负责操作，定期维护和检修，压力表等定期送特定的压力容器部门校对。
　　2、灭菌器一旦故障，应立即停止使用，并紧急联络设备生产厂商或特定的维修公司。
　　3、如一时不能修复，可暂时停止更换笼具，改用辐照灭菌饲料。
　　4、长时间不能修复，笼具更换、清洗后用化学消毒剂浸泡，从缓冲间内喷雾消毒后传入屏障设施内，晾干后使用；其他物品则临时改用辐照灭菌后消毒液喷雾传进屏障设施内。