微量有机元素分析仪的工作原理主要是基于高温燃烧法。在高温有氧条件下，有机物发生燃烧，燃烧后其中的有机元素分别转化为相应的稳定形态，如CO2、H2O、N2、SO2等。具体来说，样品在高温下有氧环境中燃烧，其中的碳(C)、氢(H)、氮(N)、硫(S)等元素转化为CO2、H2O、N2、SO2等气体。这些气体经过吸附-解吸柱分离后，通过色谱柱进行分离，最后由高精度的热导检测器检测，从而得到各元素的含量。具体过程如下：

　　1.样品处理

　　样品需要经过粉碎、研磨后，用锡囊或铝囊包裹。然后通过自动进样器进入燃烧反应管中。

　　2.燃烧过程

　　在高温有氧条件下，样品中的有机物发生燃烧，其中的有机元素转化为相应的稳定形态，如CO2、H2O、N2、SO2等。

　　3.气体分离和检测

　　燃烧产生的气体通过吸附-解吸柱分离后，进入色谱柱进行分离。每种气体逐步稳定分离出来后，通过热导检测器进行检测，从而得到C、H、N、S等元素的含量。

　　4.氧含量测定

　　对于氧含量的测定，样品在H2/He中进行高温裂解得到CO，通过热导检测即可测得样品中氧的含量。