LC液相色谱仪由泵将储液瓶中的溶剂吸入色谱系统，然后输出，经流量与压力测量之后，导入进样器。被测物由进样器注入，并随流动相通过色谱柱，在柱上进行分离后进入检测器，检测信号由数据处理设备采集与处理，并记录色谱图。废液流入废液瓶。遇到复杂的混合物分离(极性范围比较宽)还可用梯度控制器作梯度洗脱。这和气相色谱的程序升温类似，不同的是气相色谱改变温度，而LC液相色谱仪改变的是流动相极性，使样品各组分在条件下得以分离。
　　LC液相色谱仪使用中常见的问题及注意事项
　　1、过滤时有时会出现流动相漏液。可能的原因是滤膜放置不正确和接头有点错位，导致流动相从缝隙中漏出。
　　注意：操作时，应先向滤瓶内倒入少量流动相，观察是否漏液并开始过滤，若未漏液，再向滤瓶中添加流动相。
　　2、超声时，瓶外液体的液面应高于瓶内流动相的液面，否则流动相内的气体可能无法排出液体，气体仍然残留在流动相内，以致开机排气时无气泡排出。
　　3、开机排气结束后，应先将流动相流量调小，再关闭排气阀，否则会导致柱压瞬间升高超过压力上限，致使泵停止工作。
　　4、反相LC液相色谱仪冲洗柱子时，应尽量避免使用纯水流动相冲洗柱子，因为水极性强，会损害色谱柱，导致柱效下降。
　　5、冲洗色谱柱时，还可辅助以不同比例的混合流动相冲洗色谱柱，以冲出不同极性的残留物质，但还是要用纯有机流动相冲洗色谱柱一段时间。
　　6、在实验过程中会出现压力超过上限或压力偏高，有可能是柱内有残留物质未被冲出，此时应用较大流速的有机流动相充分冲洗色谱柱。若条件允许，也可采用梯度洗脱的方式冲洗色谱柱。压力过高也有可能是滤头堵塞，此时可将滤头取出放到有机溶剂中超声。
　　7、若隔天或更长时间不使用LC液相色谱仪，应将两流动相瓶中均倒入纯的有机流动相（因为水流动相长时间不用会滋生细菌，污染滤头和色谱柱，导致下次开机使用时会出现鬼峰，基线不稳）。
　　8、进样时所进样品的体积应不小于色谱柱的容积，且进样时注射器里的气泡一定要排出，不可将气泡打进色谱柱。