蛋白标签是指与靶蛋白相连的融合蛋白的亚结构域或肽序列。有许多在重组蛋白生产中广泛应用的蛋白标签。蛋白标签是一种方便有效的工具，可以提高重组蛋白的溶解性、简化蛋白纯化，并提供了一种在蛋白表达和纯化过程中跟踪蛋白的简便方法。如果有针对这些标签的特异抗体，这些标签也可应用于目的蛋白的亲和纯化。

1.Flag标签蛋白

Flag标签为编码8个氨基酸的亲水性多肽（DYKDDDDK），其融合表达目的蛋白后具有以下优点：

1）作为融合表达标签，Flag通常不会与目的蛋白相互作用并且通常不会影响目的蛋白的功能、性质，这样就有利用研究人员对融合蛋白进行下游研究。

2）融合在N端的Flag，可以被肠激酶切除（DDDK），从而得到特异的目的蛋白。因此Flag标签现已广泛应用于蛋白表达、纯化、鉴定、功能研究及其蛋白相互作用等相关领域。

3）易于用Anti-Flag的抗体进行检测。

2.HA标签

HA标签蛋白，序列为YPYDVPDYA的9个氨基酸残基多肽，源于流感病毒的红细胞凝集素表面抗原决定簇，对外源靶蛋白的空间结构影响小, 容易构建成标签蛋白融合到N端或者C端。易于用Anti-HA的抗体进行检测。

3.c-Myc标签

C-Myc 标签蛋白，是一个含10个氨基酸残基的小标签，标签序列Glu-Gln-Lys-Leu-Ile-Ser-Glu-Glu-Asp-Leu，这10个氨基酸残基作为抗原表位表达在不同的蛋白质中仍可识别其相应抗体。C-Myc tag已成功应用在 Western-blot杂交技术、免疫沉淀和流式细胞计量术中，可用于检测重组蛋白质在靶细胞中的表达。

4.Avi Tag

Avi Tag标签蛋白是一个15个氨基酸残基组成的短肽，具有一个单生物素化赖氨酸位点，与已知天然可生物素化序列完全不同，可以加在目标蛋白的N端和C端。融合表达后，可被生物素连接酶生物素化。为了纯化重组蛋白，选用低亲和性的单体抗生物素蛋白或抗生物素蛋白衍生物，除了用于蛋白质分离纯化，还用于蛋白质相互作用研究。

Avi Tag标签系统具有以下几大优点：

1）无论在体外或者体内，几乎所有的蛋白都可以在一个独特的Avi Tag位点轻易且有效地被生物素化；

2）生物素化是通过酶和底物的反应来实现，反应条件相当温和而且标记的专一性极高；

3）生物素Avi Tag只有15个氨基酸，对蛋白空间结构的影响非常小；

4）生物素与链亲和素具有很高的很专一的结合活性，非常便于后期检测。

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