FLAG标签（或称为FLAG八肽、FLAG表位）是为融合蛋白设计的第一个表位标签，也是唯一获得专利的标签。一个FLAG标签可以用于多个需要抗体识别的不同检测中。如果没有针对某个蛋白的抗体，在蛋白上添加一个FLAG标签就可以用针对FLAG序列的抗体来研究该蛋白。

FLAG标签序列：DYKDDDDK-tag（FLAG标签）

FLAG标签蛋白大小：FLAG标签分子量为1012 Da。FLAG标签中的多聚阴离子氨基酸不太可能影响靶蛋白的活性。FLAG标签可以进行包含低非特异性背景的高度特异性pull-down实验。

应用：蛋白表达和生产中使用FLAG标签

在蛋白的N端或C端添加FLAG标签，通过使用与琼脂糖珠结合的FLAG标签特异性单克隆抗体，可以快速纯化过度表达的重组蛋白。在过去商品化的FLAG标签亲和纯化树脂非常昂贵且只能使用几次。经过多年的开发，义翘神州已开发出一种卓越的FLAG 标签特异性单克隆抗体，可用于各种检测应用，也可与琼脂糖结合进行亲和纯化。改进后的FLAG标签亲和树脂价格合理，并且可以耐受低pH的洗脱，从而延长树脂的寿命。

此外，可以通过ELISA和Western blot等方法，用FLAG标记特异性抗体来检测细胞培养液中的标签蛋白表达水平。

Flag标签的优势：

Flag作为标签蛋白，其融合表达目的蛋白后具有以下优点：

（1）序列短小，只用一条人工合成的寡核苷酸链就可以编码；

（2）结晶条件时Flag融合蛋白的构象与单纯目的蛋白的构象几乎完全相同，通常不会与目的蛋白相互作用并且通常不会影响目的蛋白的性质和功能，这样就有利用研究人员对融合蛋白进行下游研究；

（3）融合有Flag标签的目的蛋白，可以直接通过Flag进行亲和层析，此层析为非变性纯化，可以纯化有活性的融合蛋白，并且纯化效率高；

（4）抗Flag的抗体可有效识别Flag标签，这样就方便通过Western Blot、ELISA等方法对含有Flag的融合蛋白进行检测、鉴定；

（5）Flag融合标签含有一个肠激酶切割位点，肠激酶可以识别该短肽C端的五个氨基酸(Asp-Asp-Asp-Asp-Lys)，通过肠激酶处理除去标签后即可获得天然的非融合蛋白质。