饮料多含有碳水化合物、蛋白质、维生素等营养，适合微生物生长繁殖，为保证饮料的口感与风味在货架期内保持稳定，饮料在出厂售卖前必须进行杀菌处理，同时在饮料生产过程中，需利用杀菌技术对生产设备、环境及包装容器进行杀菌消毒。一、杀菌的分类杀菌即消灭微生物及传播性病原体（如真菌、细菌、病毒、孢子体等）的过程，杀菌可分为物理杀菌和化学杀菌两类。物理杀菌是通过加热、高压、紫外线等物理方法将微生物杀灭的过程。化学杀菌是通过化学药剂与微生物接触使其失活或死亡的过程。物理杀菌一般用于饮料料液的杀菌，化学杀菌一般用于饮料包装容器、生产环境与设备的灭菌与消毒。二、杀菌技术原理及应用1、物理杀菌1）巴氏杀菌巴氏杀菌亦称低温杀菌法，现在被广义地用于定义需要杀死各种微生物的热处理方法。巴氏杀菌其实就是利用微生物不耐热的特点，用适当的温度和保温时间处理将其杀灭，同时保持食品中营养物质和风味不变的杀菌法。巴氏杀菌一般杀菌温度为50℃-80℃，杀菌时间一般为20min-40min。巴氏杀菌技术在饮料生产中多用于果蔬汁饮料、茶饮料、（含乳或乳）蛋白饮料的后杀菌（灌装后杀菌）。杀菌工艺为先将饮料料液加热灌装到包装容器中密封，然后将饮料料液与包装容器一起进行杀菌。为保证巴氏杀菌过程中温度的稳定性，可采用水浴、空气浴、喷淋等方法，使饮料与热媒充分接触以维持杀菌温度。巴氏杀菌因杀菌温度低对饮料风味的影响较小，但设备体积较大，杀菌过程用水量大，能耗较高。
2）超高温瞬时杀菌超高温瞬时杀菌，简称UHT，是将经前处理的饮料料液灌装进包装容器前迅速升温到135℃以上，持续2S-15S后迅速冷却至灌装温度（90℃以下），在此过程中饮料料液中的微生物及芽孢被杀灭同时钝化生物酶。在热力杀菌过程中，对饮料色泽、风味、营养造成损失的不是因为高温，而是因为高温持续时间过长，因超高温瞬时杀菌技术高温维持时间短，饮料料液经少高温瞬时杀菌后营养物质损失较小，口感色泽比经巴氏杀菌的料液要好，因此近几年UHT技术在茶、果汁、乳等热敏性饮料生产中被广泛使用。超高温瞬时杀菌一般用于饮料前杀菌（灌装前杀菌），同时配合无菌包装容器及设备进行无菌灌装。超高温瞬时杀菌设备多采用板式、管式换热系统。超高温瞬时杀菌设备在运行中都存在“结垢”的问题，即料液粘在换热器管路内壁上，使传热杀菌效果降低。因此在UHT杀菌机运行中需定期使用无菌水及清洗液对对料液流经的管路系统进行反复无菌清洗，防止“结垢”发生，同时保持杀菌机内部无菌环境。
3）紫外线杀菌紫外线是一种波长253.7nm的肉眼不可见光，紫外线低能量的电磁辐射能产生激发作用，使微生物细胞内核酸、原浆蛋白和酶发生化学变化而死亡。紫外线有广谱杀菌作用，可杀死包括细菌和真菌在内的多种微生物。紫外线可以透过澄清、透明的水，因此被广泛用于饮料生产用水的消毒。碳酸饮料、瓶装水饮料多采用紫外线杀菌技术对过滤后的原水进行杀菌消毒。紫外线杀菌设备为过流式杀菌器，即水通过中心装有紫外线灯管的管状容器，接受紫外线照射进行杀菌。同时紫外线杀菌灯大量在饮料生产中用于生产环境、设备、空气的杀菌消毒。在瓶装饮料灌装过程中，紫外线杀菌被用作塑料旋盖的辅助杀菌手段，但需防止灌装设备停机时紫外线对塑料盖的过度照射造成瓶盖老化。紫外线的穿透能力差，因此必须直接照射到微生物表面或物体表面才能起到杀菌作用，被杀菌物体需无遮挡。在使用紫外线杀菌器对纯净水、矿泉水生产过程中，需检查杀菌器内玻璃管是否结水垢，防止阻挡紫外线影响杀菌效果。紫外线的光源，寿命较短，长时间连续使用需及时更换。紫外线对人体皮肤及眼角膜照射有损坏，一般在无人密闭环境中使用。2、化学杀菌使用化学药物杀灭病原微生物的方法，称为化学杀菌法。化学杀菌剂可渗透到微生物内部使蛋白质凝固变性；或干扰生物酶的活性，抑制微生物代谢和生长繁殖；或损害微生物细胞膜的结构，改变其通透性，破坏其生理功能等。为保证饮料的食品安全性，在饮料生产过程中选用的化学杀菌剂品种很少。过氧乙酸、过氧化氢（双氧水）被广泛应用于饮料无菌灌装工艺中的包装容器及设备杀菌。PET瓶的旋盖采用过氧乙酸溶液进行浸泡杀菌，PET瓶坯在吹瓶过程中喷入蒸汽与过氧化氢，对PET瓶进行杀菌。无菌复合膜包装在灌装料液前使用过氧化氢进行杀菌。PET瓶饮料、铝塑纸复合膜饮料在无菌灌装过程中采用过氧化氢（双氧水）溶液对全封闭式无菌灌装机内部进行全面清洗消毒。臭氧和含氯杀菌剂在饮料生产中被广泛用作原水及循环冷却用水的杀菌消毒。用化学杀菌后的饮料包装容器需用大量无菌水冲洗，防止药剂残留带入饮料影响品质。同时需防止氧化类化学药剂对饮料生产设备的腐蚀。