酸奶的制作工艺可概括为配料、预热、均质、杀菌、冷却、接种、（灌装：用于凝固型酸奶）、发酵、冷却、（搅拌：用于搅拌型酸奶）、包装和后熟几道工序，变性淀粉在配料阶段添加，其应用效果的好坏与工艺的控制有密切关系：
配料：根据物料平衡表选取所需原料，如鲜奶、砂糖和稳定剂等。变性淀粉可以在配料时单独添加也可与其他食品胶类干混后再添加。考虑到淀粉和食品胶类大都为亲水性极强的高分子物质，混合添加时与适量砂糖拌匀，在高速搅拌状态下溶解于热奶（55℃～65℃，具体温度的选择视变性淀粉的使用说明而定），以提高其分散性。
预热：预热的目的在于提高下道工序——均质的效率，预热温度的选择以不高于淀粉的糊化温度为宜（避免淀粉糊化后在均质过程中颗粒结构被破坏）。
均质：均质是指对乳脂肪球进行机械处理，使他们呈较小的脂肪球均匀一致地分散在乳中。在均质阶段物料受到剪切、碰撞和空穴三种效应的力。变性淀粉淀粉由于经过交联变性耐机械剪切能力较强，可以保持完整的颗粒结构，有利于维持酸奶的粘度和体态。
杀菌：一般采用巴氏杀菌，乳品厂普遍采用95℃、300S的杀菌工艺，变性淀粉在此阶段充分膨胀并糊化，形成黏度。
冷却、接种和发酵：变性淀粉是一类高分子物质，与原淀粉相比仍然保留一部分原淀粉的性质，即多糖的性质。在酸奶的pH值环境下，淀粉不会被菌种利用降解，所以能够维持体系的稳定。当发酵体系的pH值降至酪蛋白的等电点时，酪蛋白变性凝固，生成酪蛋白微胶粒与水相连的三维网状体系骨架成凝乳状，此时糊化了的淀粉可以充填骨架之中，束缚游离水分，维护体系稳定性。

冷却、搅拌和后熟：搅拌型酸奶冷却的目的是快速抑制微生物的生长和酶的活性，主要是防止发酵过程产酸过度及搅拌时脱水。变性淀粉由于原料来源较多，变性程度不同，不同的变性淀粉应用于酸奶制作中的效果也不相同。因此可以根据对酸奶品质的不同需求提供相应的变性淀粉。