高效液相色谱仪常用色谱柱有C₁₈柱、C₈柱、C₄柱、C₂柱、C₁柱和NH₂柱等。

一、C₁₈柱：

又称ODS柱，使用最普遍，品种繁多。值得注意的是同样的C₁₈柱，得到的结果可能不一致，尤其是分析极性或离子化合物。

流动相为甲醇（乙腈）水系统。

适合大多数化合物的分析。

二、C₈柱：

类同于C₁₈柱，保留能力比C₁₈柱差。

三、C₄柱、C₂柱和C₁柱：

用于反相，寿命较短。

适合一些特定化合物的分析。

四、NH₂柱：

既能用于反相又可用于正相。

常用于小分子糖的分析。