PCR法DNA探针标记试剂盒说明书

发布时间:2017/5/9 20:51:00

原理及特点:

PCR标记的原理是用带标记的dNTP进行PCR,得到的PCR产物将带有标记,可以直接用于杂交试验。

本产品是在上述原理的基础上开发,它具有下列特点:

1. 一站式,本试剂盒提供经过优化的试剂,不需要用户自己摸索。

2. 足够10次50 uL体系的常规PCR(用于制备标记反应的模板和设置对照反应)和5次50 uL体系的标记反应。

3. 标记可以得到ug级的双链DNA探针或约700ng的单链DNA探针,足够多次杂交实验用。

4. 既可用于制备双链探针,也可以用于单链探针。

5. 90604A需自备含标记核苷酸的dNTP, 90604B和90604C分别含生物素和地高辛标记的底物。自备的标记包括fluorescein-dUTP、hydroxycoumarin-dUTP、resorufin-dUTP和aminoallyl-dUTP等。

6. 本产品得到的探针参入率一般为4-5%(每100个核苷酸中有4-5个将带有非同位素标记),有效降低了空间阻碍,检测效果。

7. 可以用于Southern 和Northern Blot、原位杂交、菌落和斑点印迹杂交等分析。

低温运输,-20℃保存,有效期一年

使用方法:

一:准备工作

1. 按常规的方法设计PCR引物,使探针长度在400-800bp之间。过短则标记参入少,探针杂交信号强度减弱;过长则非特异杂交增加,背景变强。

2. 根据PCR引物优化PCR条件。

3. 由于标记的dNTP比较珍贵,所以本试剂盒不推荐以基因组DNA或其他复杂DNA为模板直接进行PCR标记,而是建议采取下述的两步法标记来提高成功率,即先制备非标记PCR产物,再以之为模板制备标记的PCR产物。

二:非标记PCR产物的制备

4. 设置50 uL PCR的反应体系

5. 按已经优化的PCR参数进行PCR。

6. 电泳检测和胶回收所需的PCR产物,并定量。用10 pmol引物一般能得到1ug左右的PCR产物(具体取决于PCR产物的长度)。注意:采取胶回收而不是PCR回收以避免残留引物干扰后续的标记PCR。

三:标记PCR反应(做一个不加标记的对照用于定量)

说明:在设置下面反应时,如果加一种引物,就得到单链标记的PCR产物;如果加两种引物,则得到双链标记的PCR产物。由于双链PCR探针在杂交前虽然要变性成单链后使用,但杂交时变性的双链彼此还会复性,这种复性会与探针-靶DNA杂交反应相竞争,降低杂交效率,因此强烈推荐使用单链标记的DNA探针。

注意:本试剂盒提供的dNTP混合物中,标记底物与非标记底物的比例已经进过优化,如果自备标记dUTP,其与dTTP的比例需要优化,标记不同,比例不同。对DIG-11-dUTP,比例1:3;对BrdUTP,比例为1:1。

7. 按第5步的PCR参数进行标记PCR,但需要进行下列修改:一是循环数增加到35-55个循环。由于模板为纯化后的PCR产物,探针对扩增长度完整性要求不高(长度不均的探针由于能形成网络结构,效果反而更好),所以可以增加循环数;二是延伸时间增加15秒,因为标记dUTP参入到DNA的速度比常规的dTTP慢;三是降低复性温度5-7℃,因为标记核苷酸参入到DNA后,新模板的Tm值将降低。

8. 标记探针的定量:取标记反应和对照反应的产物1-5 uL,在琼脂糖凝胶上跟浓度已知的DNA marker一起电泳,并判断探针的浓度。由于标记反应的PCR产物中额外带有非同位素的配体(生物素,地高辛等)、因此其泳动速度将慢于非标记PCR产物(但同位素标记不能用此法)

注意:如果扩增的是单链DNA探针,其结合EB的能力远低于双链DNA(EB是嵌合到双链碱基对之间的,而单链DNA没有碱基对,只有一些局部区域折叠形成的有限双链区,因此能结合的EB很少),因此EB染色的强弱不能准确反应DNA的浓度,可以采用银染定量(跟marker比较)。一般100ng模板按上述条件经过单链PCR扩增可得到700ng左右探针。

9. 剩余的PCR标记产物可以不经过纯化,直接加入(对单链PCR探针)杂或加热变性并急冷后加入(对双链PCR探针)到杂交液中使用。如果暂时不用请放-20℃长期保存。如果需要纯化,请使用乙酸铵/乙醇沉淀法。