甲基化PCR 2.0说明书

发布时间:2017/5/9 11:01:00

产品特点:

本产品是甲基化专一性PCR 试剂盒(BTN100923)的升级版,其亚硫酸氢盐DNA 修饰试剂盒(BTN100922)的升级版,亚硫酸氢盐修饰DNA时要求DNA 必须在单链状态,反应还必须在低温进行,常规的修饰试剂盒由

于是在液相进行,要在低温下让DNA 不相互复性而保持单链状态非常棘手,所以常规修饰试剂盒的修饰效率一般都不高。此外,常规方法要切换反应液,有多次沉淀步骤,使得DNA 的回收率一般都不超过50%。为克服这些缺点,本公司开发出了此升级产品,它具有下列特点:

1.用包埋的样品进行所有操作,免去所有沉淀和纯化步骤,极大简化了操作。

2.免去了DNA 提取过程,所需实验材料比常规方法更少,最少几个细胞都可以,极大地节约了宝贵材料,尤其适用于珍稀材料。

3.包埋处理后,DNA 在整个操作过程中都处于最适于修饰的单链状态,极大提高了修饰效率。

4.DNA 包埋于包埋块中,切换反应液非常方便,而且DNA 不会丢失,所以最终回收率都在90%以上。

5.适用于实体材料、悬浮细胞和纯化好的DNA 样品。

6.本试剂盒提供的甲基化修饰试剂盒足够制备150 多个10uL 包埋块(如果用纯化好的DNA)或25 个10uL 包埋块(如果用悬浮细胞);本试剂盒提供的PCR 试剂盒足够180 次100uL 体系的PCR 反应。

常温运输及保存, 保存期一年。但Proteinase K 和即用型PCR Mix3.0 需要低温运输,-20℃保存。

使用方法:

一:准备试剂

1. 在装有2.3g 溶液B 成分一干粉的瓶中加入3.9 mL 水和0.9 mL 溶液A,摇晃溶解得到4.8 mL 溶液B 成分一。在装有110mg 溶液B 成分二干粉的离心管中加入1 mL 50℃预热的超纯水,摇晃溶解,得到溶液B 成

分二。将0.6 mL 溶液B 成分二加入到4.8 mL 溶液B 成分一中,得到5.4 mL 溶液B,冰上放置待用。未用完的溶液B 下次不得再使用。

2. 每次实验前,将装有1.5 mL 包埋液离心管在沸水浴上放置数分钟直到变成溶液,然后放80℃待用。

二、对微量组织材料(如果材料足够,可先纯化DNA,再按第三方案进行)1. 用常规的胰酶消化法处理动物实体组织或培养细胞,得到浓度不超过60细胞/uL 的单细胞PBS 悬液。如果实验材料已经是单细胞悬浮液(如卵细胞),则PBS 洗涤后直接离心沉淀,再重悬在PBS 中(浓度不超过60细胞/uL)。注:本试剂盒不含本步所需相关试剂。

2. 在一个2 mL 离心管中加入3 uL 细胞悬液,再迅速滴加7 uL 在80℃预热的包埋液。注:不需要吹打混匀以免混合液在抢头里面凝固。

3. 加入500 uL 分子生物学级石蜡油,将离心管在沸冰浴中放置20 分钟。

4. 将离心管转移到冰上放置30 分钟,低温下包埋液和细胞混合液将凝固成10uL 的包埋块。

5. 加入500 uL 包埋块裂解液和5 uL Proteinase K 溶液,37℃保温过夜。

加入的溶液比重都比石蜡油大,将会自动沉降到石蜡油下层,不需离心。

6. 吸弃包埋块之外的所有溶液(包括石蜡油),用1mL TE 缓冲液室温浸泡包埋块2 次,每次15 分钟。此步可去除残留包埋块裂解液。

7. 酶切包埋块中的DNA:选定不识别PCR 靶片段的内切酶(本试剂不提供该相关试剂),再用100 uL 选定内切酶的1×缓冲室温液浸泡包埋块15 分钟,吸弃缓冲液后再加入100 uL 选定内切酶的1×缓冲液和50U

选定的内切酶,37℃保温2 小时。

8. 吸弃酶切反应液,再加入500 uL 新鲜配制的处理液A(配制方法:100uL 溶液A+400 uL 超纯水)室温放置15 分钟,重复此步。此时DNA 将呈单链。

9. 吸弃处理液A,用1 mL 新鲜配制的处理液B(配制方法:50uL 溶液A+950 uL 超纯水)室温浸泡包埋块5 分钟。

10. 吸弃处理液B,加入750uL 石蜡油,然后沸水浴20-30 秒,使DNA 单链彻底彼此分开。

11. 奖离心管转移到冰上放置30 分钟使包埋块重新凝固。

12. 在离心管中加入1mL 预冷的溶液B,溶液B 将自动沉降到石蜡油下层。继续在冰上放置30 分钟。此步用于修饰单链的DNA。

13. 将离心管转移到50℃放置3.5 小时。

14. 吸弃溶液B,用1mL TE 缓冲液常温洗涤包埋块2 次,每次15 分钟。

15. 吸弃TE 缓冲液,用500 uL 新鲜配制的处理液C(50 uL 溶液A+450 uL超纯水)常温洗涤包埋块2 次,每次15 分钟。

16. 吸弃处理液C,用1 mL TE 缓冲液常温洗涤包埋块3 次,每次10 分钟.

17. 吸弃TE 缓冲液,所得包埋块可以在4℃保存数月待用,也可以用超纯水洗涤两次(每次15 分钟)后直接用做100uL 体系甲基化PCR 的模板。

三、对纯化好的DNA

18. 选用不识别PCR 靶片段的合适内切酶酶切纯化的基因组DNA(本试剂不提供所需试剂),总体积不超过20uL,基因组DNA 不超过700 ng。

19. 酶切结束后,沸水浴5-10 分钟灭活内切酶并变性DNA。

20. 冰上放置并短暂离心数秒后,再加入4 uL 溶液A,50℃保温15 分钟。

21. 迅速加入50 uL 在80℃预热的包埋液,用手指快速弹击管底混匀溶液并继续放80℃待用。不要吹打混匀以避免包埋液在移液枪头中凝固。

22. 在一个新的、2 mL 离心管中,加入1 mL 预冷的溶液B,再加上750 mL石蜡油,并将离心管放冰上预冷。

23. 迅速取80℃保温的混合液10uL,用在空中滴加的方式加到上步准备的预冷的离心管中,滴加的混合液遇冷将迅速在石蜡油中形成包埋块并自动沉入管底。注意:不要将枪头浸入到预冷的溶液中,否则包埋液将迅速在枪头内凝固。如果包埋块没有沉到管底,可以用枪头将其拨到石蜡层下面的液相中。

24. 再重复上步操作,共可以得到7 个包埋块(约含100ng DNA)。

25. 将离心管(含7 个包埋块)继续放冰上30 分钟进行修饰。

26. 后续操作同第13-17 步。

四、甲基化专一性PCR(由于包埋块可能会抑制PCR,所以使用100 uL体系的PCR 进行甲基化检查,如果效果不好,建议使用巢式PCR)

27. 在一干净的PCR 管中,加入下列成分

28. 将混合物混匀,放入PCR 仪中进行热启动PCR,结束后取5-10 uL PCR产品直接进行琼脂糖电泳。