环状DNA全基因组扩增试剂盒说明书
发布时间:2017/5/9 10:30:00产品特点:
本产品基于WGA的、专门用于环状DNA(如质粒)扩增的全基因组扩增试剂盒,优化后的反应体系对环状DNA全基因扩增有良好的效果,可以方便、简单、快速、经济的得到环状DNA样品的扩增产物。本产品有如下优点:
1. 线状DNA清除剂可以清除残留的线状DNA,保留环状DNA,包括超螺旋DNA、带裂口(nick)的环状DNA和带缺口(gap)的环状DNA。
2. WGA采用基于phi29 DNA聚合酶的MDA法,能得到平均长度在10Kb以上的扩增产物,还具有高产量和高保真性的特点。
3. 可以将环状DNA扩增上万倍,是保留珍贵痕量DNA样品的办法。
4. 可使用各种环状DNA样品,包括质粒DNA,环状病毒DNA,线粒体DNA等。
5. 操作简便快捷,恒温(30℃)反应,无须PCR仪即可实现扩增。
6. 产物可用于多种后续试验,包括酶切、克隆、文库构建、测序、基因芯片分析等。
低温运输、-20℃保存, 有效期一年。
使用方法:
一、 去除环状样品中的线状DNA(线状DNA量不超过5 ug)
1. 在干净塑料离心管中,按下表加入各成分(30 uL体系):
2. 加200 uL石蜡油后,37℃保温16小时。注意:保温时间过短可能会形成短的DNA片段,影响后续反应,所以保温16小时。必须加石蜡油,否则长时间保温期间水分会蒸发到管盖上。如果使用热盖打开的PCR仪则可以不加石蜡油。
3. 65℃加热灭活线状DNA清除反应的酶。
4. 电泳检测酶切效果。本产品不清除带裂口(nick)和带缺口(gap)的环状DNA(如质粒),所以这些片段将不会消失。如果所含线状DNA超过5 ug,则需要用非酶线性DNA清除剂清除或者稀释后用本法处理。
5. WGA扩增需要100 pg-100 ng的环状DNA,一般环状DNA的浓度都高于此范围,则需用超纯水将DNA稀释到40pg-40ng/uL,稀释过程中线状DNA清除反应中的成分也相应稀释,故一般不会影响后续WGA反应。如果样品中DNA浓度过低,则需要用微量核酸沉淀剂(需另买)沉淀后再溶解到适当体积的超纯水中,沉淀过程中线状DNA清除反应中的成分也被去除。
二、碱变性(对环状DNA,碱变性法一般优于热变性法,推荐用户使用)
6. 在PCR塑料管中加入不超过2.5 uL 环状DNA样品。如果体积不足2.5 μL,则用超纯水补齐。同时做一个不加样品的阴性对照。
7. 加入等体积(2.5 uL)WGA DNA变性液,轻柔吹打混匀。
8. 室温放置2分钟变性。
9. 加入5 uL WGA溶液A,轻柔吹打混匀后立即进入第15步。注意:热变性的DNA样品不能久存,否则DNA会缓慢复性,所以必须马上进入后续处理。
三、热变性法
10. 在PCR塑料管中加入1-5 uL纯化好的环状DNA,用量在100pg-100ng之间。同时做一个不加DNA模板的阴性对照。
11. 加入5 uL WGA溶液A,轻柔吹打混匀。
12. 如果不足10 uL,补水到10 uL。
13. 在PCR仪器上 95℃加热变性3-5分钟,其间打开PCR仪的热盖。也可以使用95℃水浴加热3分钟。
14. 热变性结束后短暂离心(将蒸发到管壁的水甩下),然后将样品管在冰上放置至少5分钟,立即进入第15步。注意:热变性的DNA样品不能久存,否则DNA会缓慢复性,所以必须马上进入后续处理。
四、WGA反应
15. 在10 uL碱变性或热变性的DNA样品中,加入10 uL的WGA溶液B,轻柔吹打混合均匀。
16. 加入0.5 μL Phi 29 DNA聚合酶(10 U/μL),轻柔吹打混合均匀。
17. 30℃保温3-12小时。使用PCR仪进行30℃保温并打开热盖保温。如果采用30℃水浴,在样品管中加入50 uL石蜡油以防水分蒸发,因为30℃长时间的水浴也能使水分蒸发到管壁,从而改变反应体系中各成分的浓度、降低WGA反应效率。如果模板DNA量比较高,WGA三小时即可检测到DNA扩增。
18. 65℃保温10分钟使phi29 DNA聚合酶灭活。注:由于phi29 DNA聚合酶有DNA外切活性,所以将其灭活以免干扰后续反应。
19. 立即取2-5 uL WGA反应液进行电泳检测扩增效果。
20. 扩增的DNA可以用于后续试验或放冰箱长期保存。