Ribo-SPIA转录组扩增试剂盒说明书

发布时间:2017/5/3 8:48:00

产品及特点:

血液样品和各种临床样品(包括组织检查、FFPE切片或少量细胞样品)都是基因表达分析和诊断的常见材料,但这些样品通常数量有限,质量不高,并且还没法进行第二次取样。所以得到足够RNA量供后续试验是一个非常棘手的瓶颈。为解决这一问题,本公司根据Ribo-SPIA技术,开发了本产品。Ribo-SPIA技术的是利用随机和带oligo dT尾巴的DNA/RNA嵌合引物,以完整或降解的总RNA为模板进行逆转录并得到双链cDNA、RNase H不间断地在cDNA第1链中的RNA部分产生裂口,DNA聚合酶以此裂口为基础进行链取代聚合反应,产生cDNA单链。

本产品具有下列特点:

1. 能用500pg-50ng总RNA模板扩增得到ug级别的单链cDNA。

2. 步骤简单方便,扩增在恒温进行,只需要5个小时,不需要特殊仪器设备。

3. 保真性好,保持RNA样品中各分子的相对丰度。

4. 完整或降解的RNA均可作为模板,尤其适用于RNA产量和质量都不高的样品。但降解RNA作为模板时产量低,且扩增产物长度比较短。

5. 扩增得到的单链cDNA能直接用于各种后续试验,包括qPCR、芯片表达分析、杂交反应等。

6. 本产品足够做10次双链cDNA的合成,20次SPIA扩增。

低温运输,-20℃保存,有效期为1年。

使用方法:

一:样品RNA的制备

本产品不含RNA制备相关试剂,用作模板的每个批次的RNA样品先做一个预实验。总RNA样品的浓度必须在1-20ng/uL,反应所需总RNA的量为500pg-50ng。过低则需要浓缩,过高则需要用无RNase的水稀释。RNA不能含DNA、蛋白质和残留有机溶剂(如酚和乙醇)污染。尤其是要去除DNA污染,因为DNA也可以被扩增,同时其存在会干扰RNA浓度测定的准确性。Trizol提取的RNA常含残留的酚和乙醇,故用柱式方法再纯化。微量提取时不能使用核酸类的助沉剂。RNA的RIN值在2以上。

二:一管式双链cDNA的合成

1. 在0.5mL PCR管中,按下表配制双链cDNA合成反应。

三:SPIA 扩增(120uL 反应体系)

2. 在 0.5mL PCR 管中,按下表配制 120uL 的 SPIA 反应体系。注意:设置

两个阴性对照组,在此两个对照中分别用超纯水替代 SPIA 引物和 cDNA 双链

反应液。

四:SPIA 扩增产物的检测

3. 取 5uL SPIA 扩增产物进行 PAGE 电泳检测。标准的反应结果是产生长度在

200-2000bp 之间的产物。

4. 如果产物将用于 PCR 定量,则可以不经过纯化直接使用,如果需要用于芯片杂

交和浓度测定,则需要按常规的方法纯化 cDNA 以便去除残留的 dNTP 和引物。

5. OD 检测纯度和浓度。在 OD260 的波长下测样品你给的光吸收。由于扩增产

物是单链 DNA,故 1OD260=33ug/mL。

6. 所得 DNA 可以放-20℃长期放置。