紫外线杀菌的杀菌原理是利用紫外线光子的能量破坏水体中的各种病毒，细菌以及其它致病体的DNA的结构。主要是使DNA中的各种结构键断裂或发生光化学聚合反应，例如使DNA中THYMINE二聚，从而使各种病毒，细菌以及其它致病体失去复制繁殖能力，达到灭菌的效果。

紫外线杀菌系统设计时考虑的重要因素：

1、 处理水量：包括设计水量，平均流量及流量变化系数均对处理效果产生重要影响；

2、 紫外线灯客选型：即使总的有效输出功率相当，灯管类型及数量上的差异都对杀菌效果产生重要影响；

3、 水质指标：主要指标包括原水的悬浮物浓度，悬浮物粒径，浊度，UVC透过率，细菌含量等；

4、 其它因素：包括设备使用的环境因素（如温度，湿度），用户其它特殊要求（如系统安装方式等）