1、利用中央空调净化系统（HVAC）对洁净区进行消毒
　　在制药厂，一般说，洁净区面积较大，多用中央空调净化系统完成对各洁净区的净化消毒。其方法是将臭氧发生器直接安装在中央空调净化系统的送、回风主管道中或净化空调箱内中效过滤器后端，电源控制箱置于机房内。消毒时关闭约90％的新风进口阀门和对外排放阀门，使HVAC系统与洁净区形成内循环状态。每日做空气灭菌只需开机1～1.5小时左右，代替化学试剂熏蒸蒸作大消毒也只需2～2.5小时。用该方案灭菌的优点是：利用净化风作为臭氧的载体（每分钟约60m3的风量通过臭氧发生器即可），可以使臭氧迅速扩散到HVAC系统所控制的洁净室内，而且臭氧浓度分布均匀，在洁净区域内不增加任何消毒设备，即可达到洁净室的灭菌目的；同时对HVAC系统起到杀灭杂菌和霉菌的效果。实践中发现，臭氧还能对高效过滤器起到溶菌疏导的作用，延长其使用寿命。
　　
　　2、臭氧在制药行业中央空调系统中应用的浓度标准
　　臭氧对空气中的微生物的灭活浓度和物体表面沉降的微生物的灭活浓度，根据卫生部1991年12月颁布的《消毒技术规范》第4.12臭氧应用章节中第8.2款消毒空气中规定“对密闭的空气用5～10mg／m³浓度（相当于2.5～5ppm）的臭氧作用30分钟；对物体表面的沉降菌落需要20～30mg／m³，（相当于10～15ppm）”。制药行业应用臭氧的目的是用来代替紫外线和化学熏蒸，对整个洁净区空气及机械设备、介质材料表面的沉降菌落进行大消毒。需要的臭氧浓度为10～15ppm，相当于每立方空气中臭氧含量20～30mg。