在生化降解过程中，溶氧是个非常重要的参数，它关系到整个污水厂的处理净化效率。因此，必须连续监测并控制溶氧，使曝气池中的溶氧控制在合适的范围内。通常做法是从溶氧仪输出控制信号到PLC系统中，由PLC根据溶氧数值调整鼓风机的风量。这样做有两个好处，首先能够优先保证污水的处理效率，其次可以节省大量的鼓风机电力消耗。
    在有氧阶段，硝化细菌把氨氮转换成硝氮，溶氧数值大小会影响微生物的活性，合理的浓度在2mg/l，再高的溶氧并不能有效提高降解效率，鼓风机反而需要消耗更多的电能。下图表示了在硝化除氮过程中溶氧跟降解效率的关系。从图中可以看出溶氧保持在0.75-2mg./L之间经济有效。在厌氧阶段，污泥中残留的溶氧不利于反硝化过程，所以溶氧要尽可能的低。