用于亲和色谱的理想载体应具有下列特性：
　　1、不溶性：不溶于水；
　　2、渗透性：疏松网状结构，容许大分子自由通过；
　　3、有一定硬度，为均一的珠状；
　　4、具有大量可供反应的化学基团，能与大量配基共价连接；
　　5、非特异性吸附能力极低；
　　6、能抗微生物和酶的侵蚀；
　　7、有较好的化学稳定性；
　　8、亲水性。选择配基根据对纯化大分子的特异性的全面认识
　　选择也的配基有两条标准：
　　、蛋白质和配基之间必须有强的亲和力，解离常数在5mM以上不是好配基；相反亲和力太高也是有害的，因为在解离蛋白质──配基复合物时所需的条件就要强烈，这样可能使蛋白质变性。例如用抗生物素蛋白作配基纯化含生物素的羧化酶时，生物素──抗生物素蛋白复合物的解离常数达10-15M，解离时需要pH1、5，6M盐酸胍，在这种条件中。羧化酶大多数已经变性。
　　第二、配基必须具有适当的化学基团，这种基团不参与配基与蛋白质之间特异结合，但可用于活化和载体相连接，同时又不影响配基与蛋白质之间的亲和力。