当色谱柱使用一段时间以后，柱内由于各种原因，滞留了一些高沸点组分或氧化物等，除柱效有所下降外，还可能出现基线波动或“鬼峰”。为了去除污染物，使柱效和基线恢复到原来的状态，称为色谱柱的再生。色谱柱的再生和柱老化有一定区别和不同，它是柱在使用一段时间柱性能下降，经处理后尽量恢复到原来性能的过程。
　　A、色谱柱在以下几种情况必须再生处理
　　a.使一段时间，柱效明显下降；
　　b.柱被污染，特别是在程序升温时，基线漂移和噪声超过容忍程度或出现“鬼峰”；
　　c.柱头塌陷，柱床短路或断位(在玻璃柱中容易发现)，而出现尖峰或双重峰；
　　d.峰形展宽，保留时间明显变化；
　　e.待分离组分和固定相表面非特异性相互作用，引起保留时间较短的峰拖尾或出现双峰；
　　B、毛细管柱再生的几种方法
　　a.用载气将色谱柱污染物冲洗出来；
　　b.将柱头截去100mm 或更长一些；
　　c.若使用交联的色谱柱，可在仪器上反复注射溶剂进行冲洗。常用的溶剂依次为丙酮、甲苯、乙醇、氯仿和二氯甲烷，每次可进样5～10μL；
　　d.交联柱在仪器上冲洗无效时，可把柱拆下来用二氯甲烷或氯仿冲洗，溶剂用量视柱的污染程度而定，一般20mL 左右。
　　C、色谱柱再生前应注意的问题
　　当分析出现问题时，不能只考虑是柱问题，而马上进行再生。除上述情况外，还应考虑样品处理、进样技术、操作有无失误、数据处理参数有无改变等可能带来的问题。
　　a.衬管、预柱和检测器被污染也会引起基线不稳定、出现“鬼峰”或裂解峰；
　　b.新的注射垫也会引起基线漂移和出现“鬼峰”；
　　c.衬管密封欠佳、柱安装死体积或检测器固有特性也会引起较早出现峰的拖尾；
　　d.分析系统发生变化(如漏气严重)也可能使保留时间突变；
　　e.峰变宽，除柱效下降外也可能由柱外效应引起；
　　f.进样量太大也会引起峰变宽、拖尾或保留时间变短；
　　g.色谱柱长时间样品过载，保留时间也会变小等。
　　D、色谱柱再生时应注意的几个问题
　　1.如前所述和色谱柱老化一样，不是温度越高越好，时间越长越好；建议不要使用长时间烘烤的方法，来处理受到污染的色谱柱，因为烘烤时，温度会把污染的残留物变成不能溶解的物质，再用溶剂清洗也无济于事；
　　2.仪器在高灵敏度操作时，如：量程在1×10-11A/mV以下，痕量分析程序升温过程中，温度升到大于180℃后，基线明显漂移是不可避免的；
　　3.不同类型柱子，再生方法不同；
　　4.样品种类、组分、进样量不同或操作时间长短不同，再生方法也不同；
　　5.仪器本身条件如：气源种类、纯度、净化条件、进样口结构和操作检测器不同，再生柱方法也有区别；
　　6.高分子量组分污染色谱柱后，高温再生时间长会导致固定相的老化；使用交联或键合柱用溶剂漂洗再生，漂洗溶剂流动方向一定要从柱出口注入。应该注意，毛细管柱交联键合率通常不到90%，因此会漂洗掉未化学结合的液相部分，所以保留时间和分离状态会有所变化；
　　7.对于难挥发物，碳化物是不能通过再生除去，对于填充柱使用带衬管气化室进样器，对于毛细管可通过把柱入口切去30～50cm的方法除去污物段。有条件的可以使用预柱，把不挥发的有机物、无机物和颗粒材料阻留在预柱中，需要时更换预柱；
　　8.在某些情况下，色谱柱要在温度极限附近使用，这时基线漂移和大噪声已不可避免，柱的再生要求只能视情况而定；
　　9.不是所有色谱柱通过再生均能恢复原来性能。