由于氮吹仪在操作时，需浸泡在水浴池中，因此，在使用完之后须做好清洁保养工作，以延长仪器的使用寿命。
　　一、选取合适的加热介质：加热介质选用蒸馏水和去离子水，这将有效防止在水浴壁上产生水垢。注意不要使用有机溶剂作加热介质，有机溶质挥发具有毒性，会对人体健康产生危害。
　　二、使用除藻剂净化水浴：试验完成后，不加热时，在水浴的水中加入除藻剂，可防止水浴池中的生物被污染。水浴氮吹仪在选用除藻剂时，应确保所用除藻剂不会影响所要处理的样品性质，且不应使用酸性除藻剂。
　　三、定期换水：长期实验产生的杂质，以及空气中的污染物都将污染的水质，不仅会产生水垢，还可能影响实验的准确性和速率。因此，水浴中的水建议一周一换，最长也不要超过一个月。
　　四、酸性环境防护：当接触或暴露于酸性材料、蒸汽或样品后，应当立刻清洗，用适度的碳酸氢钠溶液或其它相似溶液中和，再用清水冲洗。长时间接触酸性物质，将会损坏仪器。如必须长时间接触酸性物质，则应采取保护措施。
　　五、清洁针头：每次使用完针后都应当使用有机溶剂冲洗、高压消毒清洗针头，尽量减少针的污染，以及对后期实验的影响。
　　六、禁止长期浸没：氮吹仪浴底耐水但不防水。在试验完成后，应及时将氮吹仪取出擦拭干净，绝不能将水浴浸泡在任何液体中，或放置在可能发生浸泡的地方。