常量和微量水可以用高效气相色谱仪分析（TCD），FID是能进水样的检测器。由于水不是理想的溶剂，在遇到含水样品的分析时要谨慎处理，水某些物理特性对高效气相色谱分析有不利影响。

　　一、水的蒸发膨胀体积，衬管容积小会引起进样时样品倒灌。

　　二、许多固定相对水的润湿性和溶解性较差。当水进入色谱柱时，在柱壁上不能形成光滑的溶剂膜而形成水滴，导致不能均匀地流过色谱柱，使柱性能变差。当柱温较低时，部分水以液态流过色谱柱，使在水中溶解性较好的组分峰展宽，甚至峰分裂。

　　三、水能使许多固定相降解，影响柱性能，使分辨率变差，基线漂移，噪声增大。

　　四、采用冷柱上进样时，不挥发性化合物如水溶性盐类被液态水带入色谱柱，会污染色谱柱和系统。

　　五、大量水会使FID灭火，微量水会使ECD灵敏度降低和线性范围变窄等。

　　六、当必须分析含水样品时，可选择色谱柱和分析条件，尽量减小水峰对其它峰的干扰，如选用键合相柱、柱温大于100℃和在水样中适当加入有机溶剂等。