气相色谱仪由六大单元组成，任一单元出现问题最终都会反映到色谱图上。现代的气相色谱仪很多都具备故障诊断功能，不同程度地给出仪器故障的判断。尽管如此，许多的问题尤其操作失误的问题仍需靠工作人员的努力。故障和失误可以采用逐个单元检查排除法，本文从分析人员的角度来讨论仪器故障的排除和分析人员操作失误或操作不当引起问题的排除。
　　气相色谱仪在安装时对环境有一定的要求，具体如下：
　　1)环境环境温度应在5~350C相对湿度<85。
　　2)室内应无腐蚀性气体，离仪器及气瓶3m以内不得有电炉和火种。
　　3)室内不应有足以影响放大器和记录仪（或色谱工作站）正常工作的强磁场和放射源。
　　4)电网电源应为220V（进口仪器必须根据说明书的要求提供合适的电压），电源电压的变化应在5~10范围内，电网电压的瞬间波动不得超过5V。电频率的变化不得超过50Hz的1（进口仪器必须根据说明书的要求提供合适的电频率）。采用稳压器时，其功率必须大于使用功率的1.5倍。
　　5)仪器应平放在稳定可靠的工作台上，周围不得有强震动源及放射源，工作台应有1m以上的空间位置。
　　6)有的气相色谱仪要求有良好的接地，接地电阻必须满足说明书的要求（美国规定绿色是地线，黑色是火线，白色是零线；英国规定绿/黄色是地线，褐色是火线，蓝色是零线）。
　　7)气源采用气瓶时，气瓶不宜放在室内，放室外必须防太阳直射和雨淋。