菌落计数器/分析仪是一种帮助实验人员对菌落进行计数的仪器，可以减轻实验人员的劳动强度，提高工效，提高工作质量。
　　对于精确度要求不高的用户，可以考虑手动的或者半自动的菌落计数器。
　　对于要求较高的预算充足的用户而言，具有全自动技术功能且带有菌落分析、测量、分类等的全自动菌落计数/分析仪更能符合他们的需求。
　　全自动菌落计数/分析仪选型
　　①成像硬件的选型
　　成像硬件用于获得清晰有效的菌落图像，以便分析计数。现今的成像硬件有拍照成像的、扫描成像的。由摄像头拍照成像的优点是：成像速度快，能确保在0.5秒内获得菌落图像。由单反相机、卡片机拍照成像的优点是：能自动对焦、且像素分辨率一般更高，但其成像需要3～4秒的时间。然而，拍照成像的致命弱点是：成像环境中的光线强度，无论是暗视野，还是背光，想要做到图像中心与边缘保持完全一致，相对来说比较困难。从而引起平皿上亮度的不一致。针对环境光干扰成像方面，通过对仪器照明系统进行精密的设计，上下光源采用了宽光带的LED柔光系统，并结合“悬浮式暗视野”成像系统，不仅能够消除玻璃培养皿的折射光斑，而且通过改变光比，使得菌落表面的皱折、凹陷、边缘的锯齿更富立体感。扫描成像与在灯箱中营造均匀面光源不同，是将线光源通过移动变成面光源的，光线强度相对比较均匀，其均匀度通常比拍照灯箱的面光源要高一个数量级，从成像硬件的上解决了菌落目标的亮度不匀问题，但扫描只是平面的效果，不能展现培养基表层和深层的细微菌落，且不能展现菌落颜色等多方面的情况，对于观察分析而言构成了一定难度。随着科技发展，高清晰的CMOS、CCD的涌现加上高清晰的镜头，对菌落色彩的还原性、清晰度等都很高，能够解决某些复杂菌落计数问题。对于这类的产品越来越受到科研单位、检测部门、大专院校等的喜爱。
　　②分析软件的选型
　　分析软件是全自动菌落计数仪的另一块核心成分。因为菌落生物的存在多样性，在培养基上的表现或显像不可能大体一致，针对这类变化，在分析软件选型上要考虑：对于各类成像干扰的自动排出能力。比如：是否能自动矫正背景，等等。另外，对于严重粘连在一起的团装、链状分布菌落，将其自动分割开来的水平，也是评价分析软件的考量指标。尤其是：对于同类菌落的“一键”化的智能分类计数能力，以及对于菌落计数分类的自动识别学习能力，更是评价分析软件的关键考量指标。现在比较好的分析软件，具有图像处理、图像编辑、统计功能、测量功能、数据库管理、以及对抗生素效价分析、药敏分析功能、多培养皿统计、螺旋平皿统计等一系列功能。