多肽合成仪的问世大大促进了多肽科学的发展。反过来，随着多肽科学的发展，科学家也对合成仪提出了更高的要求，从而带动了合成仪的发展。目前多肽合成仪品种繁多，从合成量上分，可分为微克级的，毫克级的，克级的和公斤级的；从功能上分，可分为研究型的，小试型的，中试型的，普通生产型的和GMP生产型的；从自动化程度上分，可分为全自动的，半自动的和手动的；从通道上分，可分为单通道的和多通道的；从技术角度上分，可分为第一代的，第二代的，和第三代的等等。
　　选型指南：
　　1、科研单位选型考虑因素
　　a) 设备本身对实验研究的帮助
　　①对于多肽合成化学反应，使用设备可避免人手工操作对人体的伤害(试剂腐蚀)
　　②由于程序化设定，可保证每步骤偶合反应的充分性以及实验整体的稳定性
　　③可以合成难肽以及超长肽(制造商需要提供其使用研究型多肽合成仪合成多肽的检测报告)
　　④在休息时间可以不间断合成工作
　　研究型多肽合成仪需满足循环式氨基酸添加位置多于20个，在夜间以及周末，预先配好的保护氨基酸可根据程序设置自动偶联并替换新的位置，保证了实验的效率，完全实现全自动。
　　⑤即使实验进行了很多年，更换了很多研究人员，实验数据还可以保存在电脑中。
　　b) 国际国内相关研究人员使用该多肽合成仪进行的有效研究结果
　　多肽合成仪的制造商应提供其公开发表的研究性论文多篇。 为进行多肽合成实验的学生们提供研究数据并使其模拟合成过程，更好的体验机械操作多肽合成的全步骤，检测自己的合成结果。
　　c) 多肽合成仪设备的专利保护对今后研究结果的影响
　　考虑到高等院校实验研究的严密性，结合对后期研发成果的保护机制，通常采购的设备需要具有其国际专利许可，以确保实验研究项目的顺利申报。
　　d) 制造商的生产规模
　　制造商的品牌、生产规模以及其所拥有的生产资格认证，都从侧面反映了其供应设备的质量、信誉以及对客户的服务保证。
　　e) 价格
　　科研单位以选择持久耐用、有品牌保证的多肽合成仪为主。但不排除部分国产制造商对其品牌的虚假宣传因素，选购时应注意，进口小型设备的价格在5－10万美金为宜，国产小型设备的价格在5－10万人民币为宜。科研机构购买进口设备可申请免税。
　　2、生产企业选型考虑因素
　　参考科研单位选购小型设备的考虑因素，对于生产型企业，使用不同品牌的多肽合成仪往往还应考虑其连贯完整的设备生产线，从小型合成规模至生产型合成规模的各种设备齐全。通常大型设备可根据反应器大小判断其合成规模，通常可在线切割的玻璃材质反应器/反应釜需达100L，可保证批量产数十公斤的多肽产品。